Karadzic es acusado de genocidio por el cerco de 43 meses sobre Sarajevo, que acabó con la vida de 12 mil personas, y por las operaciones de limpieza étnica que causaron la muerte de ocho mil musulmanes en 1995 en Srebrenica, tras la declaración de independencia de la antigua república yugoslava de Bosnia Herzegovina.
Bajo su mandato, el ejército serbio bosnio, los paramilitares, la defensa territorial y la policía fueron responsables de ataques contra la población musulmana.