Este proceso instaló en su lugar a una junta militar encabezada por los comandantes de las tres Fuerzas Armadas: Jorge Rafael Videla (Ejército), Emilio Eduardo Massera (Armada) y Orlando Ramón Agosti (Fuerza Aérea). Los propios militares llamaron de esta manera al proyecto político que se realizaría durante el gobierno militar.
El Proceso fue gobernado por cuatro juntas militares sucesivas:
1976-1980: Jorge Rafael Videla, Emilio Eduardo Massera y Orlando Ramón Agosti
1980-1981: Roberto Eduardo Viola, Armando Lambruschini, Omar Domingo Rubens Graffigna
1981-1982: Leopoldo Fortunato Galtieri, Basilio Lami Dozo y Jorge Isaac Anaya
1982-1983: Cristino Nicolaides, Rubén Franco, Augusto Jorge Hughes En cada una de estas etapas fueron presidentes de facto Jorge Rafael Videla, Roberto Eduardo Viola, Leopoldo Fortunato Galtieri y Reynaldo Benito Bignone respectivamente, todos ellos integrantes del Ejército.
En 1982 el gobierno militar emprendió la Guerra de Malvinas contra el Reino Unido, intentando movilizar así la oposición contra el exterior. La derrota infligida provocó la caída de la tercera junta militar y meses más tarde la cuarta junta llamó a elecciones para el 30 de octubre de 1983, en las que triunfó el candidato de la Unión Cívica Radical, Raúl Alfonsín.
Los miembros de las tres primeras juntas del Proceso fueron enjuiciados por los delitos cometidos durante su gobierno, gracias al decreto número 158/83 del gobierno de Alfonsín, que además decretó la creación de la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas para investigar las violaciones de derechos humanos ocurridas entre 1976 y 1983.
Como resultado del Juicio a las Juntas, cinco de sus integrantes fueron condenados y cuatro absueltos. Los restantes responsables fueron enjuiciados en diversos procesos. En 1986 y 1987 se dictaron las leyes de Punto Final y Obediencia Debida dando fin a los juicios por crímenes de lesa humanidad. En 1989 y 1990 el presidente Carlos Menem dictó una serie de indultos que beneficiaron a los funcionarios de Proceso que continuaban judicialmente comprometidos.
En 2003 las leyes de Punto Final y Obediencia Debida fueron derogadas por el Congreso y los juicios se reabrieron, en tanto que la justicia comenzó a declarar inconstitucional los indultos por crímenes de lesa humanidad. En 2006 se habían reabierto 959 causas penales en las que 211 acusados se encontraban con prisión preventiva.