Su gobierno siempre estuvo marcado por la lucha contra grupos terroristas como Sendero Luminoso y MRTA, que si bien en un primer momento le proporcionaron felicitaciones y elogios, el paso del tiempo desvió esta campaña hacia una tendencia represiva indiscriminada.

Barrios Altos y La Cantuta
Actos como el ocurrido en diciembre de 1991 en los Barrios Altos, donde fueron asesinadas 15 personas o la matanza de nueve alumnos y un profesor de la Universidad Nacional de Educación Enrique Guzmán y Valle (La Cantuta), hicieron sospechar primero a organizaciones pro derechos humanos y más tarde a la justicia de abusos y represión estatal injustificada.  

Estas acciones se llevaban a cabo a través de un escuadrón de la muerte llamado 'Grupo Colina', al que se implica además en casos como el asesinato del sindicalista Pedro Huillca Tecse, secretario general de la Confederación General de Trabajadores de Perú (CGTP). 

La Crisis de los Rehenes
Sin embargo, no será hasta 1996, durante la última gran campaña contra del terrorismo del gobierno de Fujimori, cuando las sospechas de violación de derechos humanos estatal alcanzase dimensión internacional.

El 7 de Diciembre de 1996, 14 miembros de MRTA (Movimiento Revolucionario Tupac Amaru) tomaron a 600 personas como rehenes, todas ellas reconocidos personajes de la vida política, social y económica, en la residencia del embajador de Japón en Perú.  

Los rehenes tenían como objetivo la liberación de compañeros retenidos en diferentes cárceles del país y su demanda superó fronteras durantes semanas y meses en los que Perú ocupó portadas en todo el mundo.

¿Éxito o fracaso?
Finalmente, el negociador enviado por la Santa Sede, Juan Luis Cipriani, consiguió la liberación de la mayoría de los rehenes. Tan sólo 72 tuvieron que esperar hasta abril de 1997, cuando un comando del ejército ingresó en la residencia a través de túneles subterráneos en una misión retransmitida en vivo y en directo a nivel internacional.

Esta hazaña se saldó con dos comandos muertos, un rehén y 14 terroristas y aunque Alberto Fujimori empleó la campaña para gloria personal, la polémica no tardó en salir a la luz tras las denuncias que acusaban al ejército de matar a los terroristas una vez obtenida su rendición.

Causas pendientes
La impasibilidad, su sangre fría y su minuciosa toma de decisiones llevaron a considerarle en aquel momento como un presidente ejemplar, al salvar a la casi totalidad de los rehenes. Pero su metodología todavía se cuestiona, pese a haber servido de referencia a servicios secretos de muchos países.