El número exacto de desaparecidos no ha sido establecido: los organismos de derechos humanos estiman la cantidad en unos 30.000; la CONADEP documentó 8.961 casos; y, hasta este 2007, la Subsecretaría de Derechos Humanos tenía registradas aproximadamente 15.000 víctimas.

Entre los desaparecidos se encuentra un número de niños que se estiman entre 250 y 500, muchos de los cuales fueron adoptados ilegalmente luego de suprimirse su identidad. Existe una organización denominada las Madres de Plaza de Mayo que se ha dedicado a localizarlos, y que hasta este enero de 2007 ha encontrado a 85.

Durante ese tiempo llegaron a funcionar 610 de centros clandestinos de detención, encontrándose a la Escuela de Mecánica de la Armada y el Garage Olimpo entre los más conocidos en la Ciudad de Buenos Aires. En la Provincia de Buenos Aires, El Campito (también conocido como Los Tordos) y El Vesubio, y La Perla, en la Provincia de Córdoba.

Técnicas utilizadas para las desapariciones
Los secuestros se realizaban a alta horas de la noche por una patota ‘Ocasiones espaciales’ que eran mas de 50.

Entraban en el domicilio, había un ‘apagón’, se apoderaban del señalado, lo tabicaban (le vendaban los ojos), se los encapuchaba y lo torturaban delante de los hijos, los cuales eran dejados con algún vecino, familiar o solos; en otras ocasiones eran llevados con sus padres a los centros clandestinos, para que después fueran adoptados por algún represor. Luego eran introducidos en vehículos (Generalmente en automóviles de marca FORD modelo FALCÓN, de color verde).

De allí partían a algún centro clandestino de detención y pasaban a ser miles de hombres mujeres y niños de distintas edades y ocupaciones, integrando una categoría dentro de la población de carácter ‘tétrico’, llamado ‘los desaparecidos’.

Los detenidos en su mayoría eran personas inocentes de cometer actos terroristas, o siquiera de compartir con alguien, o pertenecer a grupos que combatían esta guerrilla.

Los interrogantes torturaban salvajemente a los secuestrados, atados a elásticos, con picanas eléctricas, les daban golpes brutales o les aplicaban el ‘submarino seco’, el ‘submarino mojado’ y los simulacros de fusilamiento.

La mayor parte de los detenidos fueron asesinados en los llamados vuelos de la muerte, donde fueron drogados y arrojados al mar desde aviones militares. En todos los casos morían ahogados.

La apropiación de los niños
Además del secuestro de adultos, hubo un plan sistemático de apropiación de niños. Los niños robados o que las madres parían en los centros de detención fueron inscritos como hijos propios por muchos miembros de la represión, vendidos o abandonados en institutos.

Durante la dictadura, los militares consideraban que los hijos de los desaparecidos debían perder su identidad. Por eso los hacían desaparecer y los entregaban a familias de militares. Ellos pensaban que la subversión era casi hereditaria o que se trasmitía a través del vínculo familiar. De la misma forma que a los hijos de desaparecidos se intentó quitarles su familia, a la sociedad en general se intentó quitarle esos antecedentes que, como los padres de esos chicos, eran considerados subversivos

Los considerados subversivos:
Los que ayudaban en la villas-miseria
Los que tenían como objetivo una mejora salarial
Los miembros de algunos centros de estudiantes
Periodistas que mostraban descuerdo con las autoridades militares
Los psicólogos y sociólogos, por pertenecer a las profesiones "sospechosas"
Las monjas y sacerdotes que llevaban sus enseñanzas a la villas-miserias
Los amigos de cualquiera de los detenidos, los amigos de estos amigos, etc.

Estas acciones de represión ilegal constituyeron la llamada guerra sucia y dejaron a las Fuerzas Armadas en una situación de ilegitimidad e ilegalidad similar que las otras fuerzas irregulares a las que supuestamente se intentaba combatir.

Los crímenes de lesa humanidad cometidos durante el Proceso fueron investigados en 1984 por la Comisión Nacional sobre la Desaparición de Personas (CONADEP) que produjo el famoso informe Nunca Más.

Por estos crímenes, las tres juntas de comandantes que gobernaron el país entre 1976 y 1982 (se excluye la última) fueron juzgadas y condenadas en 1984. Otros responsables han sido enjuiciados y condenados tanto en Argentina como en otros países. Los procesos han continuado varias décadas después de los hechos.