Nacido en Bogotá el 25 de marzo de 1952, es Magíster en filosofía de la Universidad Nacional de Colombia. Magíster en matemáticas de la Universidad de Dijòn, Francia, en 1972, y Doctorado Honoris Causa en Filosofía de la Universidad de París XIII, en el 2004.
Desde 1975 es profesor e investigador de la Universidad Nacional de Colombia, en donde se desempeñó también como vicerrector (1988 a 1991) y luego como rector (1991 a 1993.
Llegó a la Alcaldía de Bogotá para el periodo 1995-1997, con la mayor votación en la historia de la ciudad (cerca de medio millón de votos).
En el 2000 fundó el Partido Visionario orientado a la construcción de movilidad social zanahoria, respeto y amor a la vida, uso sagrado de los recursos públicos y transformación del modelo clientelista para reproducirse políticamente, según señala en su site.
En el año 2001, se convirtió en el primer alcalde reelegido para gobernar Bogotá entre 2001 y 2003.
Sin embargo, por lo que más se le recuerda a Antanas Mockus es por haber mostrado sus nalgas para acallar una protesta de la guerrilla durante una exposición en la universidad.